Aunque toda esta información la podemos encontrar en el codex de Wordpress, aquí os pongo las llamadas en php más comunes y más utilizadas en nuestro Wordpress.
En el header.php
Título del blog
Descripción del blog
Versión de WordPress
URL del blog
URL de los Pingbacks del blog
URL para los feeds Atom del blog
URL para los feeds RSS2 del blog
Versión HTML del blog
Juego de Caracteres del blog
Ruta de la hoja de estilos(”‘style.css”)
Ruta del Theme actual
En el resto de archivos del theme
Contenido de los posts
Si hay posts…
Cierra la condición
Mientras haya posts, muestralos
Cierra el mientras
Muestra el contenido de header.php
Muestra el contenido de sidebar.php
Muestra el contenido de footer.php
Muestra la fecha
Muestra la hora
Muestra la fecha en formato d-m-y
Enlace a los comentarios del post
Título del post o página
URL de post
Categorías del post
Autor del post
ID del post
Enlace para editar el post
Enlaces del blogroll
Muestra el contenido de Comments.php
Lista las páginas del blog
Lista las categorías del blog
Enlace al siguiente post
Enlace al post anterior
Muestra el calendario
Muestra los archivos del blog
Enlaces al Siguiente o Anterior Post
Para incluir cualquier archivo que este dentro del theme
Valor del formulario de búsqueda
Muestra “Texto”
Enlace al registro
Enlace al login o logout
Meta para administradores
Tiempo de carga del blog
Número de consultas al cargar el blog
Hay bastantes más, y aparte todas estas tienen un montón de opciones y combinaciones posibles, pero creo que con estás ya se puede hacer casi de todo, por lo menos para crearnos un theme de Wordpress ya tenemos 
InKiLiNo